La Ley de la Memoria Histórica y la regulación Navarra de los símbolos franquistas no solo provocó el cambio de nombre en el actual Monumento a los Caídos, sus calles vecinas o sus ornamentos falangistas, sino que provocó que el Ayuntamiento favoreciese la exhumación de 8 destacados combatientes franquistas sepultados en la cripta desde 1961.
Tras un convenio suscrito entre las autoridades municipales y el Arzobispado para clausurar la cripta como lugar de enterramiento, en octubre de 2016 fueron exhumados los restos del general Emilio Mola –con acuerdo de la familia–. Los últimos restos desenterrados fueron los del general José Sanjurjo en la madrugada del 16 de noviembre de 2016. El cadáver fue trasladado entonces, a petición de los herederos, al Panteón Militar del cementerio Melilla ya que Sanjurjo fue en su día Comandante General en la ciudad autónoma.
La familia de Sanjurjo se opuso siempre a la decisión y llevó al consistorio a los tribunales. Tras haber obtenido un respaldo inicial el pasado julio frente a la exhumación, ahora el Tribunal Superior de Justicia de Navarra avala la decisión del consistorio pamplonés de clausurar completamente dicha cripta. En el argumentario jurídico se menciona expresamente el acuerdo entre el Arzobispado y el Ayuntamiento como un “consentimiento expreso a las exhumaciones” ya que la propiedad era municipal pero el usufructo estaba asignado a la diócesis.
El alcalde Joseba Asiron, de Bildu, ha reiterado que el “proceso que cumplía con todas las garantías desde el punto de vista legal y también científico”, ya que la Iglesia en el convenio veló por la intimidad y el respeto en la ejecución de las exhumaciones. El alcalde va más allá y ve el recurso como un “apoyo moral y también un camino a seguir” para la exhumación de Franco del Valle de los Caídos.